Kudüs'ü Bizans İmparatorluğu adına yöneten Ortodoks Patrik Sophronius, şehri birkaç aydır kuşatma altında tutan İslâm ordularının komutanı Ebû Ubeyde bin Cerrâh'a haber göndererek teslim olacaklarını bildirmiş, ancak şu şartı koşmuştu: "Kudüs kutsal bir mekândır, burayı ancak Halife Ömer'in bizzat kendisine teslim edebilirim."
Mesaj başkent Medine'ye ulaştığında, Hz. Ömer bir istişare meclisi kurmuş, neticesinde de kalkıp Kudüs'e gitmişti. Güney cihetinde, onun Kudüs'ü uzaktan gördüğünde tekbir getirdiği nokta, bugün "Cebel-i Mükebber" (Tekbir getirilen dağ) adıyla anılır.
Patrik ve beraberindekiler, Hz. Ömer'i, şehrin bugün El Halil Kapısı olarak bilinen batı girişinde karşıladılar.
Patrik, daha sonra Kudüs'ün yeni hâkimine Hıristiyanların dünyadaki en kutsal mekânı olan Kıyâmet Kilisesi'ni gezdirerek, kendi itikadı çerçevesinde açıklamalarda bulundu.
Burası, Hıristiyanların Hz. İsa'nın çarmıha gerildiğine, yıkanıp kefenlendiğine, ardından gömülüp üç gün sonra dirildiğine inandıkları yerdi. Kilise binası, Doğu Roma İmparatoru Konstantin'in annesi Helena tarafından 326'da inşa ettirilmişti.
Ziyaret sırasında Hz. Ömer'e namaz vaktinin -öğle veya ikindi- geldiği haber verildi. Heyet halen kilisenin içinde olduğundan, Halife dışarı çıkmaya davranınca, Patrik Sophronius Kudüs'ün Müslüman hâkimine bir jestte bulunmak istedi: "Efendim, ibadetinizi kilisemizde yerine getirmenizden onur duyacağız".
Patriğin sözlerine gülümseyen Hz. Ömer, şu cevabı verdi:
"Eğer ben burada namaz kılarsam, benden sonra gelecek olan Müslümanlar, bunu gerekçe göstererek kiliseyi sizin elinizden alıp camiye çevirirler."
Daha sonra kilisenin avlu duvarının dışına çıkan Hz. Ömer, namazını hemen yan tarafta bulunan boş arsada eda etti. Halife'nin öngörüsü çarpıcıydı: Gerçekten de, sonraki dönemde tam da Hz. Ömer'in namaz kıldığı noktaya bir cami inşa edildi. "Ömer Camii" adını taşıyan mabet, bugün de aynı noktada yer alıyor.
Hz.Ömer'in sadece müslümanlara değil gayr-ı müslimlere de eşit davrandığını ve adaletli olduğunu gördük. Din değiştirmek için hiç kimseyi zorlamamış, onların şeref ve onurlarını ayaklar altına almamıştır. Herkesin dinini rahatça yaşamasına özen göstermiştir. İşte Kudüs müslümanlar tarafından böyle teslim alınmıştır.
Kudüs'ü Müslümanlar adına teslim alan Hz. Ömer, şehrin Hıristiyan ahalisiyle bir anlaşma da imzaladı. "Ömer Ahidnâmesi" adıyla tarihe geçen bu metnin şahitleri Hâlid bin Velid, Abdurrahman bin Avf, Amr bin Âs ve Muâviye bin Ebi Sufyân'dı ve şartları şunlardı:
- Kudüs Hıristiyanlarının canları, malları, kiliseleri ve haçları güvence altındadır.
- Hıristiyanların mabedi kamulaştırılıp iskâna açılamayacak ve yıkılmayacaktır.
- Hıristiyanlar, dini inançları sebebiyle hor görülmeyecek ve onlardan hiçbiri dinini değiştirmesi için zorlanmayacaktır.
- Kudüs'e, Hıristiyanlarla birlikte bundan böyle Yahudiler hiçbir şekilde iskân edilmeyecektir.
-Kudüs halkı, diğer şehirlerdeki zımmîler gibi cizye vereceklerdir.
-Kudüs'te bulunan Bizanslılar, gitmek istedikleri takdirde diledikleri yere emniyet içinde ulaştırılacaklardır;kalmak isteyenlerse, şehir halkı gibi cizye verecektir.
-Kudüs halkından,Bizanslılarla birlikte gitmek isteyen olursa, onlar da istedikleri yere gitmekte özgürdür; emniyet içinde onlarda yerlerine ulaştırılacaktır.